Le deuxième épisode commence par une scène dans le foyer Notre-Dame de Bon Secours qui accueille des femmes enceintes en difficulté, où nos deux séminaristes prennent la relève pour le week-end. Une des femmes présentes prend violemment l’un d’eux à partie, en demandant à sortir. Elle le frappe sans qu’il réagisse, pendant que l’autre séminariste se cache sous la table et prie son chapelet !

Dans une autre scène, les prêtres essayent de remotiver le cardinal pris d’un coup de blues à la veille de sa campagne de réélection. Ils se décident enfin à faire des travaux dans l’Eglise. Puis nous assistons à une « prière des frères », en plein couloir du séminaire, parce que ça va vraiment mal ! Il s’agit simplement de réciter debout un « Notre Père ». Dans une autre scène, Guillaume fait la morale à sa mère qui part en Inde avec un type qu’elle connaît à peine… Au même moment, pendant une soirée mondaine, le père demande à Raphaël de réfléchir sur sa vocation d’ici trois semaines, car il le veut à la tête de son entreprise. Ce dernier lui répond que sa décision est prise – même s’il n’est pas encore confirmé dans sa vocation. Il se fait humilier quelques jours plus tard devant toute sa famille, car son père l’ignore à présent totalement.
Il retrouve à cet instant une amie d’enfance qui prépare une thèse sur une grande mystique allemande. Celle-ci cherche à le rassurer en lui disant en substance : « ne t’inquiète pas, ce n’est pas l’aspect religieux qui m’intéresse, mais sa psychopathologie ».

Dans une autre scène, on retrouve un séminariste priant fébrilement à genoux devant la Sainte Vierge, puis qui se lève et va décapiter la statue de Sainte Claire.

« L’Eglise est attaquée à travers nous » déclare alors le numéro 2 du séminaire. « Je ne vais pas gâcher ma vocation parce que j’ai perdu la tête cinq minutes, pas vrai ? » déclare bientôt le coupable à Emmanuel. Et c’est José qui se fait accuser par ses camarades. « Courage, engagement, esprit d’équipe et élégance : toutes les vertus d’un soldat de Dieu incarné dans le sport », peut-on encore entendre pendant une partie de rugby où José se défoule contre ses camarades. On voit ensuite le cardinal, en pleine nuit, inquiet, égrener son chapelet puis annuler brutalement tous ses rendez-vous du lendemain pour prendre le 1er avion pour Rome.

« Depuis 15 ans, nous avons moitié moins de séminaristes », entend-on dans la bouche d’un prêtre plus qu’inquiet. « Tant que je serai supérieur des capucins, il n’est pas question que la police franchisse le seuil de cet établissement », affirme le Père Fromenger au sujet de la statue brisée. Une bagarre est sur le point d’éclater entre séminaristes lors que le supérieur du séminaire intervient pour calmer le jeu. C’est en effet José qui est accusé à tort…

On se retrouve ensuite au Vatican où notre cardinal complote contre Fromenger.
– Une personnalité originale, exagérément progressiste… que puis-je faire pour lui ?
– Nous pourrions accélérer sa retraite…
– A-t-il commis quelque chose ?
– Fromenger ne s’est pas assagi. Ces gens là, il est dangereux pour nous tous. Aujourd’hui Sa Sainteté le Pape est bien conseillée, mais demain… Si vous lanciez une enquête, peut-être découvririez-vous quelque chose… »

Sur le conseil du Père Fromenger, José finit par donner son témoignage de conversion à ses camarades qui l’enregistrent en vidéo, et le coupable du crime de la statue est découvert. Christian demande alors pardon et annonce qu’il prend du recul : « je ne sais pas si pourrais surmonter les responsabilités du ministère », explique-t-il devant tout le monde. (Comme si ce genre de justification était donné en public).

Le directeur du séminaire se confesse ensuite à l’un de ses confrères en plein cloître. Puis tous les séminaristes se retrouvent pour fêter l’anniversaire d’Odile Morvan (Gaby Fragnaud), la sœur de Guillaume. On voit ensuite le cardinal recevoir une lettre d’excuse du Père Fromenger et la chiffonner de colère. C’est alors la Sainte Inquisition qui vient frapper à la porte du séminaire (comme si la Congrégation pour la doctrine de la foi avait la possibilité d’enquêter sur la gestion d’un séminaire). Il est reproché à l’adjoint du supérieur d’être aveuglé par son admiration envers le Père Fromenger.